新疆也受到了新构造运动的影响，自早第三纪以后，海水退尽，出现了帕米尔高原，阿里莱海峡封闭了起来。自此，新疆始终保持着大陆的形式，海水再未进过新疆。由于新构造运动的影响，青藏高原海拔升到了5000多米的高度。帕米尔高原、天山、阿尔泰山也都相继隆起，塔里木盆地和准噶尔盆地变为封闭的内陆盆地，新疆真正成为欧亚大陆的腹地。由于大陆性增强及气候变干，塔里木盆地和准噶尔盆地中出现了成片的沙漠，现代自然景观开始形成。
既然新疆历史上有过漫长的海洋时期，那么从现在的情况看，新疆还有可能再成为海洋吗？地质学家指出，随着地球历史的演进，并不排除这种可能性。当然，对人类来说，这个时期太过漫长了。只有得到更多、更深刻的科学数据，人类才能充分地了解地球历史的变迁，也才能预见到它的陆海变迁规律。
