接下来是对整班军机大臣的处置。恭亲王奕訢“著加恩仍留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾”。恭亲王一直依重的宝鋆“着原品休致。”就连慈眷正隆的吏部尚书李鸿藻，也受到处分，与兵部尚书景廉一起，“均着开去一切差使，降二级调用”。处分最轻的是工部尚书帝师翁同龢，“着加恩革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走，以示区别”。
竟然是军机全班撤换！
新掌中枢的又是什么人？同时发下的另一道慈谕是，“礼亲王世铎着在军机大臣上行走，户部尚书额勒和布、阎敬铭、刑部尚书张之万，均着在军机大臣上行走。工部左侍郎孙毓汶，着在军机大臣上学习行走”。
恭亲王率领众人谢恩后，淡淡地说：“诸位，该走了，给新人腾地方。”此外再无一语，默默上轿回府。
两份上谕传出，舆论为之哗然。因为盛昱上折，只想刺激一下军机们振作，并没有扳倒军机的意思，清流领袖李鸿藻也被逐出军机，更非清流所愿。尤其是新班军机，根本无法与原军机相比。盛昱首先坐不住了，上谕中有一句说“若竟照弹章一一宣示”，好像他的密折中罗列了恭亲王好多罪状，那可真是天大的误会。他连忙上折为恭亲王、李鸿藻求情，“恭亲王才力聪明，举朝无出其右，只以沾染习气，不能自振；李鸿藻昧于知人，暗于料事，唯其愚忠不无可取。国步艰危，人才难得，若廷臣中尚有胜于该二臣者，奴才断不敢妄行渎奏，只是以礼亲王世铎与恭亲王较，以张之万与李鸿藻较则弗如远甚，奴才前日动章请严责成，而不敢轻言罢斥。实此之故，可否请旨饬令恭亲王与李鸿藻仍在军机处行走，责令戴罪图功，洗心涤虑，将从前过举认真改悔，如再不能振作，即当立予诛戮，不止罢斥”。