微软公司突飞猛进地发展，很快就成为了全球磁盘操作和视窗操作系统的霸主。1990年，美国联邦贸易委员会就开始对微软公司是否有把DOS系统与应用软件捆绑销售的行为进行了调查。因为捆绑式销售是反垄断法严令禁止的行为，由于贸易委员会的调查力度并不大，所以微软当时对此并不太在乎。1993年，该事件由美国司法部接手继续调查。这一时期微软正在开发视窗操作系统，许多软件企业都认为如果微软利用视窗软件进行竞争的话，就更具有不公平的优势了。于是，司法部就将视窗系统作为了调查重点。1994年在微软正准备并购一家财务软件公司的时候，司法部指控微软为非法兼并，使微软不得不放弃了兼并这家公司的决定。直到1994年7月，微软公司才与司法部达成和解。根据和司法部签订的协议，微软公司在向计算机制造厂商发放Windows 95使用许可证时，不得附加其他条件。这宣告着司法部和微软公司这一轮的争斗结束。
在微软忙于应付司法部门的调查和开发视窗操作系统之时，互联网得到了迅速发展，并且涌现出了一批新的优秀企业。比如，网景公司和太阳公司在网络领域上的发展就十分迅速。由于微软对这一领域的疏忽和不重视，这两家公司很快就超过了微软。网景公司为了方便人们在Internet上浏览和搜索，开发出了一种专门用于上网的Navigator软件，也被称为浏览器软件。网景公司的这一软件在推出后，很快就受到了广大用户的好评和喜爱。由于良好的业务促使着网景公司得到了快速成长，所以它很快就成为了美国著名的软件公司。